Premier élément de réponse : tout dépend de ce que notre collègue entend par "dépasser toute notion de méthode".
Ce qui, immédiatement, amène une question subsidiaire : "que faut-il entendre par le mot méthode ?"

Si l'on donne à ce mot la signification que l'on est convenu de lui donner en matière d'apprentissage de la lecture, c'est-à-dire celle d'un outil tout fait, (qu'il se nomme "global" ou "syllabique", ou encore "mixte" : tout ça, c'est du pareil au même !), destiné aux élèves et sur lequel ceux-ci vont apprendre à lire hors situation de lecture, sur des mots et des phrases hors réseau de communication (ni locuteur, ni destinataire, ni enjeux de communication), il est bien évident (même si cela n'apparaît pas tel à beaucoup), qu'il faut à tout prix "dépasser cette notion".

Mais si l'on conçoit ce mot comme synonyme de "démarche structurée et justifiée", il devient alors évident :
1- qu'on emploie bien mal ce mot, et qu'il faut lui substituer son prétendu synonyme ;
2- qu'on ne peut se passer de "méthode" ou plus exactement de "démarche structurée et justifiée" pour enseigner la lecture.
Ce qui amène immanquablement une troisième question :
Qu'est-ce qu'une démarche structurée et justifiée d'enseignement de la lecture ?

Une démarche structurée, c'est un itinéraire qui a un sens, un début et une fin, ainsi qu'une progression entre les deux.
Une démarche justifiée, c'est une démarche qui prend en compte les conclusions actuelles des travaux sur l'apprentissage, les composantes de l'acte de lire et la psychologie des enfants.
Concrètement, cela veut dire :
1- que l'on prend comme point de départ du travail de lecture, les écrits que les enfants connaissent, c'est-à-dire les savoirs flous, imparfaits, voire erronés, mais réels des enfants sur l'écrit ;
2- que l'on se sert de ces écrits pour commencer à construire les trois grandes familles de compétences de lecture que sont :
  • - la reconnaissance du type d'écrit (= compétences d'orientation dans l'univers de l'écrit), avec notamment l'habitude d'explorer l'ensemble du texte avant toute lecture linéaire
  • - le réseau de communication auquel il appartient et ce qu'il contient comme informations
    (= compétences sémiotiques)
  • - les mots qui le constituent et les lettres qui constituent les mots (= compétences langagières et combinatoire)

Etant bien entendu que ces trois familles doivent être construites de pair, mais en commençant par la mise en place du comportement de lecteur efficace évoqué ci-dessus. Ce comportement de lecteur adulte, contrairement à ce qui a pu se dire ici ou là, peut et doit être mis en place dès le plus jeune âge, et bien avant que soit abordée la construction de la combinatoire.

Il va de soi que ce travail de structuration du savoir est accompagné de moments de pratique sociale de la lecture, ce qu'on nomme des "situations fonctionnelles" de lecture, moments liés à des projets sociaux divers, scolaires ou non, où la lecture est en situation, c'est-à-dire où on lit pour pouvoir résoudre des problèmes de réalisation des projets en question : lire pour trouver des réponses aux questions qui se posent, lire pour trouver comment on fait pour utiliser tel ou tel instrument, lire pour communiquer avec des personnes qui nous ont écrit, etc. etc.
On sait, en effet, qu'on n'apprend pas avec des leçons qui s'égrènent chaque jour de façon à peu près semblable, mais à l'intérieur d'une organisation rigoureuse du temps de travail, divisé en deux types de moments :
  • - les premiers, des moments de projets où lire (comme écrire ou parler) servent à autre chose qu'eux-mêmes,
  • - les seconds où l'objectif est de découvrir comment c'est fait et comment ça marche.

Où l'on voit que, contrairement à ce que disent ceux qui n'ont jamais rien lu sur la question et parlent par ouï-dire, c'est un travail autrement plus rigoureux, plus construit, plus solide, que le fait de tourner jour après jour les pages de Léo et Léa, dont on serait bien en peine de dire où se trouve la progression d'apprentissage...

Des précisions plus détaillée peuvent être trouvées aux adresses suivantes :
http://www.charmeux.fr/combinatoire.html
et : http://www.charmeux.fr/commentfairelect.html